Elçin Əfəndiyev 1943-cü il mayın 13-də Bakıda, Azərbaycanın görkəmli ədibi İlyas Əfəndiyevin ailəsində ana­­dan olub. 1965-ci ildə Bakı Dövlət Universitetinin Fi­lo­logiya fakültəsini bitirən Elçin daha sonra Nizami adına Ədəbiyyat İnstitutunda aspirantura təhsili alıb və filolo­giya elmləri doktoru, professor dərəcəsinə qədər yük­səlib.
Yazıçının ədəbi fəaliyyəti Azərbaycan nəsrində “altmışıncılar” adlanan nəslin gəlişi ilə eyni dövrə təsadüf edir. Elçin hələ gənc yaşlarından yazdığı hekayələrlə oxucuların rəğbətini qazanıb. “Baladadaşın ilk məhəbbəti”, “Toyuğun diri qalması”, “Dolça” kimi əsərləri ilə Bakı mü­hitini, Abşeronun özünəməxsus koloritini və sadə in­san­ların daxili dünyasını ustalıqla təsvir edib. 
Yazıçının “Mahmud və Məryəm”, “Ağ dəvə”, “Ölüm hökmü”, “Baş” əsərləri Azərbaycan ədəbiyyatının əsas ro­man­­larından hesab olunur.
Yaradıcılıqla yanaşı, Elçin uzun illər Azərbaycanın ictimai-siyasi həyatında da mühüm rol oynayıb. 25 il ərzində Azərbaycan Respublikası Baş nazirinin müavini vəzifəsində çalışaraq ölkənin mədəniyyət və elm sahəsinin inkişafına töhfə verib. 
Elçin Əfəndiyev 3 avqust 2025-ci ildə vəfat edib.