Şəhid Seyid Məhəmməd Behişti 1928-ci il oktyabrın 23-də İsfahanın Lumban məhəlləsində anadan olub. Atası İsfahan ruhanilərindən və imam-camaat idi. Anası isə tanınmış alim və müctəhid Ayətullah Hacı Mir Məhəmməd Sadiq Xatunabadinin qızı idi.
Seyid Məhəmməd 1942-ci ildə 14 yaşında orta təhsilini yarımçıq qoyaraq İsfahan elmi hövzəsində dini təhsil almağa başlayır. O, dini hövzəsində səkkiz ildə oxumalı olduğu dərsləri dörd ildə başa çatdıraraq, 1946-cı ildə, yəni 18 yaşında təhsilini davam etdirmək üçün Qum elmi hövzəsinə yollanır. Höccətiyyə mədrəsəsinin kiçik və sadə hücrələrinin birində məskunlaşan Seyid Məhəmməd tezliklə Şəhid Mütəhhəri və Seyid Musa Sədr kimi tələbələrlə tanış olur. O, dini dərslərin birinci mərhələsini altı ayda təkmilləşdirdikdən sonra 1947-ci ildə ali fiqh və üsul dərslərində, o cümlədən Şəhid Mütəhhəri ilə birlikdə İmam Xomeyninin fiqh və üsul dərslərində iştirak etməyə başladı. Həmçinin o, gənc tələbələrə də dərs deyirdi.
Seyid Məhəmməd orta təhsilini yarımçıq buraxıb dini dərsləri öyrənməsinə rəğmən dini dərslərlə yanaşı, yarımçıq qoyduğu dərsləri də davam etdirməyə başladı. Son dərəcə çalışqanlığı və dərin zəkası ilə bu iki dərsləri eyni zamanda təkmilləşdirdi. Belə ki, o, 1948-ci ildə orta məktəbi bitirib İlahiyyat institutunun fəlsəfə fakültəsinə daxil oldu. O, 1951-ci ildə institutu bitirib bakalavr diplomunu əldə etdi.
Seyid Məhəmməd institutu bitirdikdən sonra yenidən Qum dini hövzəsinə qayıdır və ali fiqh və üsul dərslərində iştirak edir. Həmçinin onun fəlsəfəyə xüsusi marağı olduğu üçün Əllamə Seyid Məhəmməd Hüseyn Təbatəbainin fəlsəfə dərslərində də iştirak edirdi. Tez bir zamanda ustadın daimi şagirdlərindən birinə çevrilən Seyid Məhəmməd Behişti Şəhid Mutəhhəri ilə birlikdə Əllamə Təbatəbainin iştirakı ilə həftədə iki dəfə səmimi və şövqlü elmi məclis təşkil edirdi ki, bu yığıncaqların nəticəsi olaraq "Fəlsəfənin əsasları və realizm metodları" adlı kitab Şəhid Mütəhhərinin şərhi ilə ərsəyə gəlmişdir. Müqəddəs Qum şəhərində beş il təhsil və tədrisdən sonra Behişti 1956-cı ildə yenidən İlahiyyat İnstitutuna daxil olur və 1959-cu ilə qədər həmin institutda doktorluq pilləsinin dərslərini oxuyur. Lakin dərslərini bitirdikdən sonra daxildə və xaricdə çoxsaylı elmi, mədəni, siyasi və təbliği fəaliyyətlər səbəbindən doktorluq dissertasiyasını müdafiə edə bilmir və bu iş bir müddət təxirə düşür. Nəhayət 1975-ci ildə doktorluq dissertasiyasını "Quranda metafizik məsələlər" mövzusunda Ustad Şəhid Mütəhhərinin elmi rəhbərliyi ilə müdafiə edir və fəlsəfə elmləri doktoru dərəcəsini alır.
İslam inqilabı İmam Xomeyninin rəhbərliyi ilə qələbə çaldıqdan sonra Şəhid Behiştinin siyasi-ideoloji mübarizəsi rəsmi və daha intizamlı müxtəlif sahələrdə davam edirdi. Belə ki, o, bir tərəfdən İslami məsələlər barəsində yeni fikirlər söylədiyinə görə mühafizəkar ruhanilər tərəfindən tənqid, töhmət və böhtana məruz qalır, digər tərəfdən, materialistlər və çoxüzlü münafiqlər tərəfindən endirilən ağır zərbələrə tuş gəlirdi və nəhayət 27 iyun 1981-ci il tarixində cahiliyyət kin-küdurəti və nifrəti partlayışla nəticələndi. Şəhid Behişti Cümhuri-İslami partiyasının qərargahında 72 nəfərlə birlikdə terror qurbanı oldu və uca şəhidlik zirvəsinə qalxdı.